行政管理体制改革是深圳综改最重要的内容，其中，实现“一级政府三级管理”改革取得突破性进展，这被外界视为行政改革中“含金量”最高的。
距离《深圳市综合配套改革总体方案》获国务院批复仅一个多月，改革有了实质性的推进。6月29日下午，《深圳市综合配套改革三年(2009—2011)实施方案》(以下简称《三年实施方案》)经深圳市委常委会研究审议并原则通过。未来3年，深圳将在六大领域实施改革突破，今年将重点推进9项改革。这9项改革涵盖了深化功能区管理区改革、产业用地出让方式多元化、推出创业板、启动医改、深圳大学建立现代大学制度、加快深港合作和珠江东岸一体化进程、申报特区扩容等内容。
而6月30日，坪山新区的正式挂牌，为深圳将在适当时机“逐步取消区政府”改革打下了坚实的基石。
逐步取消区政府
当日上午，深圳市委书记刘玉浦，深圳市委副书记，代市长王荣，深圳市政协主席王顺生，深圳市纪委书记谭国箱，深圳市委副书记白天，常务副市长李锋等人均出席了坪山新区挂牌活动。
“这是深圳发展的一件大事，作为综改先行区，全市所有部门都要加大对坪山新区的扶持力度。”王荣在挂牌仪式上表示。而据了解，王荣也将担任坪山新区领导小组组长。在管理架构上，坪山新
区领导小组的成员还囊括了多个实权单位：深圳人事局局长、深圳交通局局长、深圳地税局局长、深圳工商局局长、龙岗区委书记、龙岗区区长等。而领导小组办公室设在了深圳大工业区管理委员会，而坪山新区领导小组办公室主任一职由大工业区管委会主任刘子先担任。
“取消区政府，将其改为政府派出机构”。一直被视为深圳探索城市行政区划及管理体制改革的攻坚战。早在2007年5月31日，深圳市正式成立光明新区，继光明新区之后，深圳第二个功能区正式挂牌。至此，“一级政府三级管理”框架下的“市——功能区——社区服务机构”格局初步显现。
而为推行此项改革，《三年实施方案》把“加快设立坪山新区，深化功能区管理区改革，在光明新区和坪山新区开展探索整合街道办事处和社区工作站等行政资源，创新基层管理体制的试点”作为2009年9项重点改革内容之一。
目前深圳实行的是“两级政府四级管理”模式，即“市—区—街道—社区工作站”模式。在深圳实现“一级政府三级管理”之后，原有的区级政府将不再作为一级政府，而是市府的派出机构，承担公共管理与公共服务职能，街道办和社区工作站将被整合为社区服务机构。
功能区是过渡形态
据“市级中心—副中心—组团中心”三级架构的构想，坪山新区将是未来深圳市5个城市副中心之一，主要功能是东部高新技术产业服务中心，是促进区域产业协调发展的重要基地。
在当日的挂牌仪式上，深圳市常务副市长李锋宣读了坪山新区机构编制文件，按照这份文件，坪山新区由坪山、坑梓两个街道和深圳市大工业区整合而成。新区总共挂三块牌：中共坪山新区工作委员会、深圳市坪山新区管理委员会和中共坪山新区纪律检查委员会，同时仍然保留广东深圳出口加工区。坪山新区管理委员会属于市政府直接派出机构，正局级建制，负责组织辖区内经济发展、城市管理、征地拆迁等多项职能。坪山、坑梓两个街道办将全建制纳入坪山新区，新区管理委员会享有新区街道内的人事管理权，不过坪山新区的国民经济统计收入最终列入龙岗区。
据悉，坪山区域总面积127.22平方公里(含大工业区坪山部分)，是龙岗区面积最大的区域,尚有可建设用地61.52平方公里，约占龙岗区全部可建设用地的47%。
坑梓区域街道总面积40.5平方公里，1986年建镇，2004年“撤镇设街”，深圳市九大传统产业集聚基地中的家具、新型自行车两大基地位于坑梓街道。
而被部分拉进坪山新区的深圳市大工业区原本就由深圳市政府直接管理，横跨坑梓、坪山2个街道，是深圳市高新技术产业带的重要片区，面积174.4平方公里，可开发建设面积109平方公里。大工业区于1994年开始筹建，1997年正式动工建设，是深圳追求工业适度重型化的产物。
特区扩容年内报批
《三年实施方案》同时释放出的重要信号是——年内拟定专项方案，向国家申报争取将特区范围延伸至深圳全市。这表明，制约深圳市多年的“一市两法”和城市二元化问题行将得到上位法的支持。这对深圳很重要。
在《深圳市综合配套改革总体方案》获批的同时，国务院批复深圳特区扩容可以专项报批。这在深圳综改方案的操刀人、深圳市委副秘书长和政研室主任蒙敬杭看来，深圳特区撤关扩容问题基本定局，他透露，“正在准备，做好一个专门的呈批件就可以上报了”。
1982年6月，经国务院批准，在南头、同乐、梅林、清水河、布吉、沙湾一线，架设起了一道边防管理线，这就是人们常说的“二线关”。从此，深圳被分割成了“关外”、“关内”两个区域，从关外进入关内要查验证件，而关内外更是实施不同的法律，出现了“一市两法”的独特景观。
1992年全国人大常委会授予深圳“特区立法权”，但特区立法只能在特区内施行，而不能适用于经济特区之外。此后的2000年，《中华人民共和国立法法》又赋予深圳市拥有“较大市立法权”，但必须与广东省、国家立法保持一致。
不少专家表示，“授权特区立法为深圳积极探索市场经济体制提供了许多法律保障。但‘一市两法’也给深圳的行政管理、司法以及公民权益保障带来诸多难题”。
官方资料显示，截至2007年，深圳特区内可开发利用土地面积只剩下20余平方公里。如果深圳专项报批顺利“通关”，深圳经济特区的面积将扩大5倍，接近香港面积(1103平方公里)的两倍,“一市两法”的困境也将迎刃而解。
专家表示,从光明新区到坪山新区,不仅是在区划上的调整,更是深圳在行政管理体制改革上的积极探索和尝试。深圳率先展开的功能区探索，将为中国城市治理模式提供样本。
坪山新区领导小组办公室主任刘子先表示,将突出改革创新、突出产业特色、突出绿色环保、突出和谐安定,努力将坪山新区建设为全市的改革创新试验区、高端产业聚集区、绿色人居示范区。
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